如果能够找到驱动疾病发生的代谢产物，研究人员希望他们能够开始一项新的研究来测试疗法在改变肠道微生物组平衡上的效果，比如益生菌或粪便移植疗法等。研究者Hov说道，如果你真的可以利用微生物组做一些事情的话，你就可以改变它，或许也可以治疗它，因此如果你患有一种没有疗法能治疗的疾病，那么锁定肠道微生物或许会给你带来意外的收获。

正是这种希望促使了更多科学家们开始研究微生物组在疾病发生过程中扮演的关键角色，然而，我们机体中微生物群落的混合物是极度复杂的，即使像研究者Kleinewietfeld等人能够确定精确的故障发生机制，后期如何修复这种故障依然是一大挑战;通过操控微生物组来提供治疗多种疾病的新型疗法，目前研究人员或许仅仅还停留在表面上。后期他们还有很多工作需要去做，目前研究人员才刚刚开始理解如何如何在疾病治疗方面有效利用微生物组来帮忙。