刚出生的婴儿由于在子宫内是处于无菌的环境，所以肠道内是无菌的，出生后。细菌迅速从口及肛门侵入，2 h左右，其肠道内很快有肠球菌、链球菌和葡萄球菌等需氧菌植入，以后随着饮食，肠道就有了更多的不同菌群进驻，3 d后细菌数量接近高峰[1]。而一个健康成人胃肠道细菌大约有1014个，由30属、500种组成，包括需氧、兼性厌氧菌和厌氧菌。从来源上看，有常住菌和过路菌两种，前者是并非由El摄入，在肠道内保持稳定的群体：而后者则由口摄人并经胃肠道。常住菌是使过路菌不能定植的一个因素。

人体胃肠道各部位定植的细菌的数量和种类不同：胃内酸度高，含大量消化酶，不适合细菌成长，所以胃内菌数量很少，总菌数0～103个，主要是一些需氧抗酸性细菌，如链球菌、乳杆菌等。而小肠是个过渡区，虽然pH值稍偏碱，但含有消化酶，蠕动强烈，肠液流量大，足以将细菌在繁殖前冲洗到远端回肠和结肠，所以.小肠菌量在胃和结肠之间逐渐增多;空肠菌数105个，仍以需氧菌为主：回肠菌较多，总菌数103-107个。以厌氧菌为主，如拟杆菌、双歧杆菌等;结肠内菌量最多达1011～1012个，厌氧菌占绝对优势，占98%以上，菌种也达300多种。干大便的重量近1/3是由细菌组成[2-5]。

同一肠道，不同类菌的空间分布也不相同，总的来说，人体肠道菌群在肠腔内形成3个生物层：深层的紧贴粘膜表面并与粘膜上皮细胞粘连形成细菌生物膜的菌群称为膜菌群，主要由双歧杆菌和乳酸杆菌组成,这两类菌是肠共生菌，是肠道菌中最具生理意义的两种细菌，对机体有益无害;中层为粪杆菌、消化链球菌、韦荣球菌和优杆菌等厌氧菌;表层的细菌可游动称为腔菌群。主要是大肠杆菌、肠球菌等好氧和兼性好氧菌[6]。

肠道菌群的种类和数量只是相对稳定的，它们受饮食、生活习惯、地理环境、年龄及卫生条件的影响而变动。

正常情况下,肠道菌群、宿主和外部环境建立起一个动态的生态平衡，对人体的健康起着重要作用。